COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 19.084453 15.228136 15.245827
2021-02-24 17:00:00 15.522896 15.522896 15.076472
2021-02-23 17:00:00 14.933375 14.933375 14.885536
2021-02-22 17:00:00 16.860720 16.860720 14.697976
2021-02-21 17:00:00 13.928205 13.928205 14.546284
2021-02-20 17:00:00 14.616740 14.616740 14.425924
2021-02-19 17:00:00 16.313776 16.313776 14.335225

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 12.611047 12.611047 12.137909
2021-02-24 17:00:00 11.334746 11.334746 11.989077
2021-02-23 17:00:00 10.956108 16.587275 11.951643
2021-02-22 17:00:00 4.696280 11.441170 11.914915
2021-02-21 17:00:00 5.152105 11.831118 11.881695
2021-02-20 17:00:00 10.325507 10.325507 11.833270
2021-02-19 17:00:00 20.000000 11.619428 11.713726

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 16.358839 16.358839 13.593495
2021-02-24 17:00:00 18.281938 18.281938 13.325712
2021-02-23 17:00:00 15.961945 15.961945 13.214999
2021-02-22 17:00:00 18.222222 5.408971 13.164646
2021-02-21 17:00:00 9.878419 9.878419 13.129502
2021-02-20 17:00:00 11.578947 11.578947 13.108506
2021-02-19 17:00:00 13.478692 13.478692 13.222585

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 8.279983 9.756098 8.260072
2021-02-24 17:00:00 11.834823 8.547009 8.224797
2021-02-23 17:00:00 5.814536 5.814536 8.117291
2021-02-22 17:00:00 12.102564 5.932629 8.148238
2021-02-21 17:00:00 8.709016 8.709016 8.110887
2021-02-20 17:00:00 11.145194 11.145194 8.180561
2021-02-19 17:00:00 8.903421 8.903421 8.035591

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 15.792610 10.839624 11.573046
2021-02-24 17:00:00 16.280456 12.040832 11.679446
2021-02-23 17:00:00 35.623915 11.280883 11.807649
2021-02-22 17:00:00 17.385016 9.653068 11.937801
2021-02-21 17:00:00 12.256968 12.256968 11.995341
2021-02-20 17:00:00 11.825682 11.825682 12.136897
2021-02-19 17:00:00 14.312284 14.312284 12.305127

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 28.843500 28.843500 29.650240
2021-02-24 17:00:00 22.643605 22.643605 29.065456
2021-02-23 17:00:00 34.187298 34.187298 28.348969
2021-02-22 17:00:00 51.291308 32.183307 28.086103
2021-02-21 17:00:00 34.037861 34.037861 27.841656
2021-02-20 17:00:00 26.523077 26.523077 27.642990
2021-02-19 17:00:00 36.260454 36.260454 27.474103

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 19.688671 8.561545 11.065291
2021-02-24 17:00:00 15.978399 9.847522 11.231409
2021-02-23 17:00:00 10.841206 10.841206 11.316495
2021-02-22 17:00:00 17.726161 11.687243 11.445194
2021-02-21 17:00:00 18.020305 18.020305 11.527984
2021-02-20 17:00:00 11.172036 11.172036 11.697211
2021-02-19 17:00:00 13.976555 13.976555 11.846633

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 16.893073 7.521859 5.904393
2021-02-24 17:00:00 5.912213 5.912213 5.867774
2021-02-23 17:00:00 4.410160 4.410160 5.784364
2021-02-22 17:00:00 10.667000 5.240550 5.694285
2021-02-21 17:00:00 7.537399 7.537399 5.640008
2021-02-20 17:00:00 5.176484 5.176484 5.620220
2021-02-19 17:00:00 6.075110 6.075110 5.611784

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 14.814815 10.144215 10.585540
2021-02-24 17:00:00 10.074231 10.074231 10.594260
2021-02-23 17:00:00 12.110617 12.110617 10.523512
2021-02-22 17:00:00 10.104012 5.014749 10.407866
2021-02-21 17:00:00 14.785992 14.785992 10.402660
2021-02-20 17:00:00 13.986827 13.986827 10.439111
2021-02-19 17:00:00 10.103245 10.103245 10.506440

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 27.240627 17.844761 23.432563
2021-02-24 17:00:00 26.376604 26.376604 23.393187
2021-02-23 17:00:00 26.165858 26.165858 23.427609
2021-02-22 17:00:00 22.343773 22.343773 23.384770
2021-02-21 17:00:00 22.186921 22.186921 23.283866
2021-02-20 17:00:00 21.644680 21.644680 23.225250
2021-02-19 17:00:00 23.476013 34.859122 23.096376

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 13.013333 9.591111 12.780474
2021-02-24 17:00:00 17.721519 17.721519 12.852310
2021-02-23 17:00:00 11.756374 11.756374 12.745380
2021-02-22 17:00:00 22.328244 14.010910 12.368269
2021-02-21 17:00:00 11.940299 11.940299 12.321329
2021-02-20 17:00:00 14.463247 14.463247 12.130770
2021-02-19 17:00:00 15.606012 15.606012 12.098805

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 8.632138 8.632138 8.894333
2021-02-24 17:00:00 9.090909 9.090909 9.101607
2021-02-23 17:00:00 8.049536 2.929577 8.831733
2021-02-22 17:00:00 12.241888 12.241888 8.698198
2021-02-21 17:00:00 7.127660 7.127660 8.703190
2021-02-20 17:00:00 8.976834 8.976834 8.667977
2021-02-19 17:00:00 13.652695 13.652695 8.714384

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 80.135440 80.135440 78.234276
2021-02-24 17:00:00 80.498866 80.498866 77.222095
2021-02-23 17:00:00 114.024390 114.024390 77.690598
2021-02-22 17:00:00 62.033898 62.033898 76.529526
2021-02-21 17:00:00 59.280303 59.280303 75.422933
2021-02-20 17:00:00 72.272727 72.272727 76.079375
2021-02-19 17:00:00 89.267462 89.267462 76.512364

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 114.366197 77.605634 84.289707
2021-02-24 17:00:00 88.366337 88.366337 83.514025
2021-02-23 17:00:00 75.570033 75.570033 82.765299
2021-02-22 17:00:00 28.037383 121.028037 84.257094
2021-02-21 17:00:00 77.083333 77.083333 83.792214
2021-02-20 17:00:00 76.847291 76.847291 82.965710
2021-02-19 17:00:00 77.575758 77.575758 82.774092

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 19.306865 19.306865 16.435432
2021-02-24 17:00:00 18.205739 18.205739 16.106821
2021-02-23 17:00:00 13.337679 13.337679 15.833718
2021-02-22 17:00:00 19.126010 19.126010 15.325640
2021-02-21 17:00:00 14.354752 14.354752 15.047556
2021-02-20 17:00:00 13.439916 13.439916 14.743571
2021-02-19 17:00:00 17.231378 17.231378 14.557477

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 28.430648 21.162848 21.371623
2021-02-24 17:00:00 22.589469 22.589469 21.423054
2021-02-23 17:00:00 14.436064 20.526250 21.054575
2021-02-22 17:00:00 13.557312 21.313131 21.025128
2021-02-21 17:00:00 45.038622 19.236138 20.873955
2021-02-20 17:00:00 23.494289 23.494289 21.010703
2021-02-19 17:00:00 22.290232 22.290232 21.184971

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 4.132231 4.132231 3.760779
2021-02-24 17:00:00 3.225806 3.225806 3.868191
2021-02-23 17:00:00 2.279340 2.279340 3.840315
2021-02-22 17:00:00 8.555556 8.555556 3.874228
2021-02-21 17:00:00 2.584182 2.584182 3.957368
2021-02-20 17:00:00 3.935310 3.935310 3.979519
2021-02-19 17:00:00 2.328042 2.328042 4.014709

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 11.343449 8.567728 9.219110
2021-02-24 17:00:00 10.662994 10.662994 9.155938
2021-02-23 17:00:00 9.040000 9.040000 9.239128
2021-02-22 17:00:00 9.325487 9.325487 9.073674
2021-02-21 17:00:00 8.808401 8.808401 9.024044
2021-02-20 17:00:00 10.315560 10.315560 9.051952
2021-02-19 17:00:00 8.092698 8.092698 9.011842

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 10.918627 7.457883 8.864459
2021-02-24 17:00:00 8.574287 8.574287 8.808019
2021-02-23 17:00:00 9.122108 9.122108 8.686923
2021-02-22 17:00:00 14.317146 14.317146 8.669093
2021-02-21 17:00:00 8.552748 8.552748 8.586696
2021-02-20 17:00:00 8.324598 8.324598 8.487251
2021-02-19 17:00:00 8.340103 8.340103 8.382928

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 27.958115 27.958115 27.842325
2021-02-24 17:00:00 27.443609 27.443609 28.464618
2021-02-23 17:00:00 23.165340 23.165340 28.260151
2021-02-22 17:00:00 70.802920 25.738799 28.404655
2021-02-21 17:00:00 25.738799 25.738799 28.378630
2021-02-20 17:00:00 38.453390 38.453390 28.306921
2021-02-19 17:00:00 28.693994 28.693994 28.563291

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 2.061856 2.061856 6.594600
2021-02-24 17:00:00 11.965812 11.965812 7.037427
2021-02-23 17:00:00 2.898551 2.898551 6.933848
2021-02-22 17:00:00 43.750000 11.965812 7.109477
2021-02-21 17:00:00 3.968254 3.968254 7.095586
2021-02-20 17:00:00 3.361345 3.361345 7.244564
2021-02-19 17:00:00 4.597701 7.766990 7.418440

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-25 17:00:00 30.325581 30.325581 28.522933
2021-02-24 17:00:00 27.022947 27.022947 27.915556
2021-02-23 17:00:00 35.878378 35.878378 27.642366
2021-02-22 17:00:00 30.829800 17.195946 27.393567
2021-02-21 17:00:00 14.265845 24.771434 27.050037
2021-02-20 17:00:00 36.837430 36.837430 26.794857
2021-02-19 17:00:00 inf 23.692752 26.614441

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.611047 12.611047 12.137909
Basilicata 16.358839 16.358839 13.593495
Calabria 8.279983 9.756098 8.260072
Campania 15.792610 10.839624 11.573046
Emilia-Romagna 28.843500 28.843500 29.650240
Friuli Venezia Giulia 19.688671 8.561545 11.065291
Lazio 16.893073 7.521859 5.904393
Liguria 14.814815 10.144215 10.585540
Lombardia 27.240627 17.844761 23.432563
Marche 13.013333 9.591111 12.780474
Molise 8.632138 8.632138 8.894333
P.A. Bolzano 80.135440 80.135440 78.234276
P.A. Trento 114.366197 77.605634 84.289707
Piemonte 19.306865 19.306865 16.435432
Puglia 28.430648 21.162848 21.371623
Sardegna 4.132231 4.132231 3.760779
Sicilia 11.343449 8.567728 9.219110
Toscana 10.918627 7.457883 8.864459
Umbria 27.958115 27.958115 27.842325
Valle d'Aosta 2.061856 2.061856 6.594600
Veneto 30.325581 30.325581 28.522933

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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